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作者の説明によると「農大で菌とウイルスとすこしばかりの人間が右往左往する物語」である。
東京にあるとされる「某農業大学」（名前を伏せているわけではなく、これが正式名称）に入学した、「菌」の存在を肉眼で視認できるという不思議な能力をもつ主人公・沢木惣右衛門直保をめぐる学園ドラマである。第5巻収録の第49話冒頭では、「ミニマムな団体劇」とも表現されている。直保に見える菌は、デフォルメされたキャラクターとして描かれている。作中で菌たちがたびたび発する、「繁殖する」「発酵、腐敗させる」ことを意味するセリフ「かもす（醸す）」は、作品のシンボル的フレーズとなっている。
なお連載時のタイトルは、第1話が「農大物語」であり、第2話が「農大物語 もやしもん」、第3話は「農大物語改め もやしもん」、第4話は「新タイトル覚えてくれた? もやしもん」、今のロゴデザインになったのは、第5話「ロゴデザイン変えてみました。（農）もやしもん」からである。なお、単行本表紙のロゴデザインは統一されていない。 タイトル変更については農大からクレームが来て変更せざるを得なかったとの話もありしばらくは生協にも置いていなかったが、今では販売している。
脚注は基本的に「菌」に関する記述は作者、それ以外は「担当さん（＝担当編集者）」が担当している。単行本では脚注のほか、扉ページのアオリや毎回の登場人物紹介欄も雑誌掲載時と同様の形で収録するという珍しい形が取られている。
休載や減ページが多い。また、単行本の新刊が発行される数ヶ月前にも、その編集・本編の修正・加筆作業のために休載する事がある。当初は『イブニング』に毎号掲載されていたが、2008年から3号掲載・1号休載というパターンでの掲載が定着している[1]。

日本の戦国時代を舞台とした、三人称視点の一騎当千型3Dアクションゲーム。
プロデューサーは小林裕幸、キャラクターデザインは土林誠と『デビルメイクライ』と同じスタッフが製作に参加しており、一部の武将の武器にはデビルメイクライに登場したものと同一のものが用意されている。
各種舞台・人物設定等はより大胆にアレンジされ、荒唐無稽なものとなっている。プロデューサー小林裕幸の過去の記事[1]によると、コーエーの『無双シリーズ』を自分達が作ったら、と『無双』に着想を発したものであるとしている。小林のインタビューによると、本シリーズは「歴史ゲームではなく、れっきとしたキャラクターゲーム」として作られており、中でも主人公である政宗と幸村は、同社のゲーム『ストリートファイターII』における、リュウとケンのようなポジションにあるという。カプコンのアクションゲームは難易度が高いことで知られているが、本シリーズは初心者でも遊びやすいように控えめな難易度に調整されている。
なお、同シリーズのヒットにより、伊達政宗や真田幸村、長宗我部元親といった戦国武将が若い女性の間でブームになり、グッズを購入したり、ゆかりの地を訪れる観光客が増えていると報道され、彼女等歴女を生むきっかけになった。2009年の宮城県知事選では、広報用ポスターに本シリーズに登場する伊達政宗が使用された[2][3]。キャッチコピーは「戦場ごとぶった斬れ!」。
2009年4月より、同名のタイトルでテレビアニメ化されTBS系列局で放送された。

*皇暦2010年8月10日、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。しかし、その圧倒的な支配にも亀裂が生まれようとしていた。
日本侵攻から7年後、ブリタニアに恨みを持つ少年、主人公ルルーシュ・ランペルージは謎の少女C.C.（シーツー）から、他人に自分の命令を強制出来る、絶対遵守の力「ギアス」を与えられることになる。ルルーシュは仮面で素顔を隠して「ゼロ」と名乗り、自称正義の味方「黒の騎士団」を結成し日本の独立のため、ブリタニアに戦いを挑む。*

(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)

10年前突如東京を襲った異変、通称「地獄門（ヘルズ・ゲート）」といわれる未知の領域が出現したその時からこの世界は本当の"空"を失い、夜空を覆う満天の星空は偽りの星達のものとなった。また時を同じくして「契約者」と呼ばれる、特別な能力を身につけた者達が現れはじめる。人間らしい感情や「契約対価」という代償と引き換えに、人外の能力を得た存在である彼らを利用して、このゲートに関する情報を得ようと、各国の諜報機関が東京にエージェントを送り込む。

主人公・黒<ヘイ>もまたそうした契約者の一人である。彼はある"組織"に所属しており、他の諜報機関等からは「BK-201」又は「黒の死神」と呼ばれている。そして、同じ"組織"のメンバーである銀<イン>・猫<マオ>・黄<ホァン>とともに、ゲートに関連する情報を集め"組織"の任務を実行している。