時代の転換期に現れ、世に混沌をもたらすと言われる「覇者の首」。それは古来秦より伝わり、覇権を望む者達に争いの火種を遺して来た。
時は巡り激動の幕末。異国色が芽吹きつつある横濱の地に、一人の剣士の姿があった。彼の名は秋月耀次郎。霊剣「月涙刀」を有し、彼の首の封印を天命とする「永遠の刺客」と呼ばれる者である。かつては坂本龍馬の用心棒を務めながらも、彼を救えなかった事を深く悔いる耀次郎は、心に癒えぬ傷を負ったまま一人幕末に蘇った「覇者の首」を追っていた。
彼は喧嘩に巻き込まれそうになった子供を助けた事で、「仇討ち」を本懐とする旅芝居一座と出会う。一座の仇敵・中居屋重兵衛、彼が手にする「覇者の首」。そして首を追う耀次郎。様々な思惑と陰謀が渦巻く中、耀次郎と一座は首を巡る激動の渦に巻き込まれていく。
作者の説明によると「農大で菌とウイルスとすこしばかりの人間が右往左往する物語」である。
東京にあるとされる「某農業大学」（名前を伏せているわけではなく、これが正式名称）に入学した、「菌」の存在を肉眼で視認できるという不思議な能力をもつ主人公・沢木惣右衛門直保をめぐる学園ドラマである。第5巻収録の第49話冒頭では、「ミニマムな団体劇」とも表現されている。直保に見える菌は、デフォルメされたキャラクターとして描かれている。作中で菌たちがたびたび発する、「繁殖する」「発酵、腐敗させる」ことを意味するセリフ「かもす（醸す）」は、作品のシンボル的フレーズとなっている。
なお連載時のタイトルは、第1話が「農大物語」であり、第2話が「農大物語 もやしもん」、第3話は「農大物語改め もやしもん」、第4話は「新タイトル覚えてくれた? もやしもん」、今のロゴデザインになったのは、第5話「ロゴデザイン変えてみました。（農）もやしもん」からである。なお、単行本表紙のロゴデザインは統一されていない。 タイトル変更については農大からクレームが来て変更せざるを得なかったとの話もありしばらくは生協にも置いていなかったが、今では販売している。
脚注は基本的に「菌」に関する記述は作者、それ以外は「担当さん（＝担当編集者）」が担当している。単行本では脚注のほか、扉ページのアオリや毎回の登場人物紹介欄も雑誌掲載時と同様の形で収録するという珍しい形が取られている。
休載や減ページが多い。また、単行本の新刊が発行される数ヶ月前にも、その編集・本編の修正・加筆作業のために休載する事がある。当初は『イブニング』に毎号掲載されていたが、2008年から3号掲載・1号休載というパターンでの掲載が定着している[1]。
『雲のむこう、約束の場所』に続く、新海の4作目の監督作品。渋谷シネマライズを皮切りに、その他の地方でも上映された。また2月16日正午から3日間にかけて、Yahoo!プレミアム会員、Yahoo! BB会員限定サービスとして、第1話「桜花抄」の先行無料配信が行われた。
2007年7月19日にDVDが発売、同10月19日からレンタルが開始された。また2008年4月18日には、Blu-ray版と限定生産品としてHD DVD版が発売されている。
なお、「ダ・ヴィンチ」誌上で新海自身による同作の小説も連載された。それぞれの話を前編と後編に分けた全6話構成で、2007年11月16日には小説の単行本が発売された。
タイトルとなっている「秒速5センチメートル」とは「桜の花びらの落ちるスピード」のことで、作中冒頭で明かされている。これは本作を制作していた当時、新海が自身のサイトで交流していた人物から聞いたという事で、相手側の了承を得てタイトルに起用した。
フジテレビと関西テレビの深夜枠で、2004年5月19日から9月22日まで（フジテレビの場合）放送された。全二十六話が制作されたが、地上波での放送はフジテレビの編成の都合上、第十七話で打ち切られた（関西テレビでの放送も、フジテレビ同様に第十七話まで）。BSフジでは一話～十七話を第一シーズン、十八話～二十六話を第二シーズンとして放送した（第二シーズンは土曜朝10:30～11:00と深夜からの移動となったと共に金曜深夜にリピート放送もあった）。後にアニマックスでも放映された。DVDは各二話収録、全十三巻。
この作品は、『カウボーイビバップ』を手掛けた渡辺信一郎監督による新作である。時代劇の外観を擁する本作のコンセプトは、時代考証とは無縁で、チャンプルーの名前通り、面白ければ何でもありというものである。例えば、モデルやバイトといったカタカナ言葉、現代的な言葉が用いられたり、ヒューマンビートボックスが登場したりと設定は無茶苦茶である。監督によれば、これは作品に面白味と新鮮味を出すための演出であり、第一回の冒頭においては、視聴者に対して、「ガタガタ言うな。黙って見やがれ」とのメッセージが送られている。
監督が好むヒップホップカルチャーがベースで、音楽のほか、殺陣や演出方法もその影響を受けている。
1986年、天才的な技術を持つ日本人脳外科医・Dr.テンマは、ハイネマン院長の娘エヴァと婚約し、ゆくゆくは外科部長から院長という出世コースを掴みかけていた。医師として漠然とした疑問を感じつつも、深く考えることなく手術を重ね、研究に打ち込んでいた。
そんなある日、西ドイツ（当時）・デュッセルドルフのアイスラー記念病院に、頭部を銃で撃たれた重傷の少年ヨハンが搬送されてくる。Dr.テンマは、院長の命令を無視してオペを担当し、ヨハンの命を救う。しかし、院内の政治力学によって、テンマの順風な状況は一変し、出世コースから転落する。そんな中、院長、外科部長らの殺害事件が発生。同時に、入院中だったヨハンと双子の妹が失踪する。
1995年、外科部長として職務に励んでいたテンマの前に、美しい青年に成長したヨハンが現れる。テンマの患者ユンケルスを目の前で何の躊躇もなく射殺し、過去の殺人を告白するヨハン。自らの責任を感じたテンマは、怪物ヨハンを射殺するために、ヨハンの双子の妹アンナに会おうとする。テンマは殺人犯の濡れ衣を着せられ、キレ者のルンゲ警部に目をつけられ、ドイツを逃亡しながらヨハンを追跡するのであった。
*皇暦2010年8月10日、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。しかし、その圧倒的な支配にも亀裂が生まれようとしていた。
日本侵攻から7年後、ブリタニアに恨みを持つ少年、主人公ルルーシュ・ランペルージは謎の少女C.C.（シーツー）から、他人に自分の命令を強制出来る、絶対遵守の力「ギアス」を与えられることになる。ルルーシュは仮面で素顔を隠して「ゼロ」と名乗り、自称正義の味方「黒の騎士団」を結成し日本の独立のため、ブリタニアに戦いを挑む。*
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
ピアノ科に在籍しながらも指揮者を目指すエリート音大学生・千秋真一は、生まれ育ったヨーロッパに（胴体着陸の恐怖体験により）重度の飛行機恐怖症である為に行くことが出来ず（海で溺れたことがあり、船にも乗れない）将来に行き詰まりを感じて思い悩む日々を送っていた。担任の教授の教育方針に反発し口論の末に決別、別れた彼女にもつれなくされて自暴自棄になっていた。
ある日、千秋は酔っ払って自宅の前で眠ってしまう。目が覚めると周囲にはゴミの山と悪臭、そして美しいピアノソナタを奏でる女性がいた。彼女の名前は野田恵（通称・のだめ）で、なんと千秋と同じマンションの隣の部屋に住み、同じ音大のピアノ科に在籍していたのだった。入浴は1日おき、シャンプーは3日おきというのだめだったものの、千秋はのだめの中に秘められた天賦の才を敏感に感じ取る。そしてのだめもまた、千秋の外見と音楽の才能に憧れて彼に纏わり付くようになる。この出会い以来、千秋はのだめの才能を引き出すべく、何だかんだと彼女に関わるようになる。
将来に行き詰まりを感じていたため無愛想だったが、本来は面倒見が良い性格の千秋は、のだめとの出会いを機に彼女の存在が潤滑油となり、音大の変人たちに出会い、懐かれ、順調に道を踏み外しながらも音楽の楽しさを思い出し、新しい音楽の世界と指揮者への道を一歩一歩切り拓き始める。また、千秋の存在によりのだめもより高い技術を得るための指導者や、環境に出会う機会を得て、それぞれが成長していく。
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
ピアノ科に在籍しながらも指揮者を目指すエリート音大学生・千秋真一は、生まれ育ったヨーロッパに（胴体着陸の恐怖体験により）重度の飛行機恐怖症である為に行くことが出来ず（海で溺れたことがあり、船にも乗れない）将来に行き詰まりを感じて思い悩む日々を送っていた。担任の教授の教育方針に反発し口論の末に決別、別れた彼女にもつれなくされて自暴自棄になっていた。
ある日、千秋は酔っ払って自宅の前で眠ってしまう。目が覚めると周囲にはゴミの山と悪臭、そして美しいピアノソナタを奏でる女性がいた。彼女の名前は野田恵（通称・のだめ）で、なんと千秋と同じマンションの隣の部屋に住み、同じ音大のピアノ科に在籍していたのだった。入浴は1日おき、シャンプーは3日おきというのだめだったものの、千秋はのだめの中に秘められた天賦の才を敏感に感じ取る。そしてのだめもまた、千秋の外見と音楽の才能に憧れて彼に纏わり付くようになる。この出会い以来、千秋はのだめの才能を引き出すべく、何だかんだと彼女に関わるようになる。
将来に行き詰まりを感じていたため無愛想だったが、本来は面倒見が良い性格の千秋は、のだめとの出会いを機に彼女の存在が潤滑油となり、音大の変人たちに出会い、懐かれ、順調に道を踏み外しながらも音楽の楽しさを思い出し、新しい音楽の世界と指揮者への道を一歩一歩切り拓き始める。また、千秋の存在によりのだめもより高い技術を得るための指導者や、環境に出会う機会を得て、それぞれが成長していく。
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
ピアノ科に在籍しながらも指揮者を目指すエリート音大学生・千秋真一は、生まれ育ったヨーロッパに（胴体着陸の恐怖体験により）重度の飛行機恐怖症である為に行くことが出来ず（海で溺れたことがあり、船にも乗れない）将来に行き詰まりを感じて思い悩む日々を送っていた。担任の教授の教育方針に反発し口論の末に決別、別れた彼女にもつれなくされて自暴自棄になっていた。
ある日、千秋は酔っ払って自宅の前で眠ってしまう。目が覚めると周囲にはゴミの山と悪臭、そして美しいピアノソナタを奏でる女性がいた。彼女の名前は野田恵（通称・のだめ）で、なんと千秋と同じマンションの隣の部屋に住み、同じ音大のピアノ科に在籍していたのだった。入浴は1日おき、シャンプーは3日おきというのだめだったものの、千秋はのだめの中に秘められた天賦の才を敏感に感じ取る。そしてのだめもまた、千秋の外見と音楽の才能に憧れて彼に纏わり付くようになる。この出会い以来、千秋はのだめの才能を引き出すべく、何だかんだと彼女に関わるようになる。
将来に行き詰まりを感じていたため無愛想だったが、本来は面倒見が良い性格の千秋は、のだめとの出会いを機に彼女の存在が潤滑油となり、音大の変人たちに出会い、懐かれ、順調に道を踏み外しながらも音楽の楽しさを思い出し、新しい音楽の世界と指揮者への道を一歩一歩切り拓き始める。また、千秋の存在によりのだめもより高い技術を得るための指導者や、環境に出会う機会を得て、それぞれが成長していく。
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
*突然ジャンプが成功しなくなり不眠症で悩む空中ブランコのフライヤー・公平、尖端恐怖症のヤクザ・猪野、誇大妄想で自意識過剰なモデル・広美たちがそれぞれに悩みを抱え精神科医・伊良部のもとを訪れ、カウンセリングを受ける。ところが治療はいつもビタミン注射を打たれるばかりで、その後は好奇心旺盛な伊良部の奇想天外な行動により面食らう患者たちは皆ハプニングに巻き込まれていく。果たして彼らの心の病は治るのか?*
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
美大生・竹本祐太はアパートの同僚で先輩の森田忍や真山巧らに囲まれ、日々大学生活を楽しんでいた。 ある日、竹本達は大学の教師の花本修司から花本の親戚の花本はぐみを紹介される。人見知りが激しく口数も少ないはぐみだったが、その愛らしさに竹本は自分でも知らぬ間に一目惚れする。そして、変人として知られている先輩の森田もまた、はぐみを気に入ってしまう。はぐみと森田は惹かれ合って行き、お互いにその事を自覚していく。しかし、2人の恋は通常のそれとは違い、常人には理解出来ない天才同士の魂の結び付きのような物であった。「恋愛」と呼ぶには少し不思議な関係のはぐみと森田。そんなはぐみと森田の様子を見て、2人が共有する世界に入っていけない竹本は疎外感を味わう。 一方、真山はアルバイト先の建築デザイン事務所の経営者・原田理花の事を慕っていた。しかし、夫を事故で亡くし残された事務所を独りで守る理花は、真山の思いに気付きながらもわざと気が付かない振りをして、真山と距離を置こうとする。そんな真山の姿に最も傷ついていたのが真山に恋をする山田あゆみだった。山田の思いを知る真山は、山田にその思いに応えられない旨を伝えるが、いじらしい山田を真山は完全に突き放しきる事が出来ない。山田も真山が振り向いてくれる可能性が少ないとは分かっていても、その思いを断ち切る事が出来ないまま時は過ぎていく。 こうして、みんながお互いにそれぞれの恋心を胸に抱きながら、足早に流れていく季節の中、共に同じ時間の中を過ごして行く。しかし、時の流れは次第にそれぞれに押し殺していた本当の気持ちを自覚させ、それに対峙していく事で自らの道を見つけ出していく...。
ある日、竹本達は大学の教師の花本修司から花本の親戚の花本はぐみを紹介される。人見知りが激しく口数も少ないはぐみだったが、その愛らしさに竹本は自分でも知らぬ間に一目惚れする。そして、変人として知られている先輩の森田もまた、はぐみを気に入ってしまう。はぐみと森田は惹かれ合って行き、お互いにその事を自覚していく。しかし、2人の恋は通常のそれとは違い、常人には理解出来ない天才同士の魂の結び付きのような物であった。「恋愛」と呼ぶには少し不思議な関係のはぐみと森田。そんなはぐみと森田の様子を見て、2人が共有する世界に入っていけない竹本は疎外感を味わう。
一方、真山はアルバイト先の建築デザイン事務所の経営者・原田理花の事を慕っていた。しかし、夫を事故で亡くし残された事務所を独りで守る理花は、真山の思いに気付きながらもわざと気が付かない振りをして、真山と距離を置こうとする。そんな真山の姿に最も傷ついていたのが真山に恋をする山田あゆみだった。山田の思いを知る真山は、山田にその思いに応えられない旨を伝えるが、いじらしい山田を真山は完全に突き放しきる事が出来ない。山田も真山が振り向いてくれる可能性が少ないとは分かっていても、その思いを断ち切る事が出来ないまま時は過ぎていく。
こうして、みんながお互いにそれぞれの恋心を胸に抱きながら、足早に流れていく季節の中、共に同じ時間の中を過ごして行く。しかし、時の流れは次第にそれぞれに押し殺していた本当の気持ちを自覚させ、それに対峙していく事で自らの道を見つけ出していく...。
主人公・進藤ヒカルは、ごく普通の小学校6年生。小遣いをカットされたために祖父の家を物色していた際、蔵にあった古い碁盤に血痕を見つけたヒカルは、その碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士・藤原佐為（ふじわらのさい）の霊に取り憑かれる。
囲碁のルールも、佐為がかつて憑いていた碁聖・本因坊秀策の強さも知らないヒカルは、「神の一手を極める」という彼の壮大な目標に付き合わされ、彼にせがまれるままに碁を打つことになる。以降、佐為はヒカル以外には姿も見えず会話もできず、物を動かすことすら出来ない存在であることを前提に話は進む。
一方、ヒカルと同年齢の少年･塔矢アキラは、名人の父･塔矢行洋から英才教育を受け周囲から一目置かれる天才少年だが、碁の道を邁進することに未だふんぎりをつけられずにいた。ある日、佐為にせがまれ碁会所に入ってきた初心者のヒカルと軽い気持ちで対局するが、圧倒的な差を見せつけられ負かされてしまう。生まれて初めて、全力で戦ったのに同い年でしかも初心者の少年に敗れるという悔しさを味わったアキラは、ヒカルの謎めいた強さに疑問を持つと共に、ヒカルに注目していくことになる。
実はアキラが戦ったのはヒカルではなく佐為の方だった。2人の対局するさまを目の前で見ているだけだったヒカルは疎外感を覚え、碁を自分で打てないことを歯痒く思う。その後出会った塔矢行洋の打ち様に心惹かれたヒカルは、佐為に頼らずに1人で碁を打とうと決心する。佐為もまた、ヒカルのその姿勢に感心し、彼の成長の助力になれることを素直に喜ぶのだった。
この物語は、季節も時間も週刊連載に沿ってリアルタイムで進行し、ヒカルの成長とさまざまな人物との出会い、その途上で訪れる別れを淡々と描き終幕する。
その目つきの鋭さ故、不良に見られてしまうことを気にしている高須竜児は、高校2年に進級し、以前から好意を寄せていた櫛枝実乃梨や、親友である北村祐作と同じクラスになることができた。一方で、新しいクラスメイトの間にはびこる「高須は不良」と言う誤解を、また最初から解かねばならないことが憂鬱であったが、実乃梨の親友で「手乗りタイガー」こと逢坂大河との邂逅により、意外に早くその誤解は解かれることとなる。
ある放課後、大河は想い人の祐作にラブレターを出そうとするが、それを間違って竜児のカバンに入れてしまう。ラブレターを送ったことを知られたと思った大河は、竜児を闇討ちすべく高須家に忍び込む。その夜のやりとりがきっかけで、大河と竜児は「お互いの恋を応援する共同戦線」を張ることになり、大河はなし崩しに高須家に入り浸るようになっていく。
私立桜が丘高校に入学した1年生の平沢唯は新しいことを始めようとするが何も思いつかず、2週間もの間部活の入部届けを書けずに日々を過ごしていた。
同じく1年生の田井中律は幼馴染で 一緒に入学した秋山澪と共に軽音楽部の見学に行こうとするが、部員が前年度末に全員卒業してしまったため、4月中に新入部員が4人集まらなければ廃部にな ると聞かされる。合唱部の見学に来るつもりで間違えて軽音楽部に来てしまった1年生の琴吹紬は、律と澪の掛け合いを聞いているうちに彼女達が気に入り、入 部することに同意する。3人は部の存続のため、あと1人を入部させるべく勧誘活動を開始した。
そんな時、軽音楽部の存在を知った唯は「軽い音楽って書くから、簡単なことしかやらない」と思い入部届けを出してしまう。本来の活動内容を知って自 分にはバンドはできないと思い、入部を取り消してもらおうと部室に訪れた唯だったが、3人の演奏を聴いて心を動かされ正式に入部した。
こうして集まった4人は唯の楽器購入を手始めに、練習・合宿・学園祭とゼロからの音楽活動を行っていく。
ある町を舞台にして起こる、不良として知られている主人公と、主人公が通う学園で出逢うヒロイン達との交流と成長の物語。学園について、ゲーム本編においては高等学校の課程にあることを特定できる描写はあるが、校名の描写はない。アニメ（劇場版・テレビアニメ）、『CLANNAD オフィシャルコミック』（みさき樹里作画）およびネットラジオでは、「私立光坂（ひかりざか）高等学校」という校名の描写がある。
高校生の主人公とヒロイン達との出来事を収めた学園編、高校を卒業した主人公のその後を描いたAFTER STORY、および本編の随所に挿入される幻想世界の3つのパートから成る。
人と人との「絆」をテーマに描かれた本作は『Kanon』・『AIR』に続き三たび大ヒット作となった。登場キャラクターの大半に、スタッフロールを伴う個別エンディングが存在する。
序盤は原作の「学園編」のうち第1期で触れられなかった物語（サブキャラクターのルートやおまけシナリオ、渚ルートの終盤など）を、中盤以降は原作の『AFTER STORY』ある町を舞台にして起こる、不良として知られている主人公と、主人公が通う学園で出逢うヒロイン達との交流と成長の物語。学園について、ゲーム本編においては高等学校の課程にあることを特定できる描写はあるが、校名の描写はない。アニメ（劇場版・テレビアニメ）、『CLANNAD オフィシャルコミック』（みさき樹里作画）およびネットラジオでは、「私立光坂（ひかりざか）高等学校」という校名の描写がある。
高校生の主人公とヒロイン達との出来事を収めた学園編、高校を卒業した主人公のその後を描いたAFTER STORY、および本編の随所に挿入される幻想世界の3つのパートから成る。
人と人との「絆」をテーマに描かれた本作は『Kanon』・『AIR』に続き三たび大ヒット作となった。登場キャラクターの大半に、スタッフロールを伴う個別エンディングが存在する。
