時代の転換期に現れ、世に混沌をもたらすと言われる「覇者の首」。それは古来秦より伝わり、覇権を望む者達に争いの火種を遺して来た。
時は巡り激動の幕末。異国色が芽吹きつつある横濱の地に、一人の剣士の姿があった。彼の名は秋月耀次郎。霊剣「月涙刀」を有し、彼の首の封印を天命とする「永遠の刺客」と呼ばれる者である。かつては坂本龍馬の用心棒を務めながらも、彼を救えなかった事を深く悔いる耀次郎は、心に癒えぬ傷を負ったまま一人幕末に蘇った「覇者の首」を追っていた。
彼は喧嘩に巻き込まれそうになった子供を助けた事で、「仇討ち」を本懐とする旅芝居一座と出会う。一座の仇敵・中居屋重兵衛、彼が手にする「覇者の首」。そして首を追う耀次郎。様々な思惑と陰謀が渦巻く中、耀次郎と一座は首を巡る激動の渦に巻き込まれていく。
『雲のむこう、約束の場所』に続く、新海の4作目の監督作品。渋谷シネマライズを皮切りに、その他の地方でも上映された。また2月16日正午から3日間にかけて、Yahoo!プレミアム会員、Yahoo! BB会員限定サービスとして、第1話「桜花抄」の先行無料配信が行われた。
2007年7月19日にDVDが発売、同10月19日からレンタルが開始された。また2008年4月18日には、Blu-ray版と限定生産品としてHD DVD版が発売されている。
なお、「ダ・ヴィンチ」誌上で新海自身による同作の小説も連載された。それぞれの話を前編と後編に分けた全6話構成で、2007年11月16日には小説の単行本が発売された。
タイトルとなっている「秒速5センチメートル」とは「桜の花びらの落ちるスピード」のことで、作中冒頭で明かされている。これは本作を制作していた当時、新海が自身のサイトで交流していた人物から聞いたという事で、相手側の了承を得てタイトルに起用した。
1986年、天才的な技術を持つ日本人脳外科医・Dr.テンマは、ハイネマン院長の娘エヴァと婚約し、ゆくゆくは外科部長から院長という出世コースを掴みかけていた。医師として漠然とした疑問を感じつつも、深く考えることなく手術を重ね、研究に打ち込んでいた。
そんなある日、西ドイツ（当時）・デュッセルドルフのアイスラー記念病院に、頭部を銃で撃たれた重傷の少年ヨハンが搬送されてくる。Dr.テンマは、院長の命令を無視してオペを担当し、ヨハンの命を救う。しかし、院内の政治力学によって、テンマの順風な状況は一変し、出世コースから転落する。そんな中、院長、外科部長らの殺害事件が発生。同時に、入院中だったヨハンと双子の妹が失踪する。
1995年、外科部長として職務に励んでいたテンマの前に、美しい青年に成長したヨハンが現れる。テンマの患者ユンケルスを目の前で何の躊躇もなく射殺し、過去の殺人を告白するヨハン。自らの責任を感じたテンマは、怪物ヨハンを射殺するために、ヨハンの双子の妹アンナに会おうとする。テンマは殺人犯の濡れ衣を着せられ、キレ者のルンゲ警部に目をつけられ、ドイツを逃亡しながらヨハンを追跡するのであった。
*皇暦2010年8月10日、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。しかし、その圧倒的な支配にも亀裂が生まれようとしていた。
日本侵攻から7年後、ブリタニアに恨みを持つ少年、主人公ルルーシュ・ランペルージは謎の少女C.C.（シーツー）から、他人に自分の命令を強制出来る、絶対遵守の力「ギアス」を与えられることになる。ルルーシュは仮面で素顔を隠して「ゼロ」と名乗り、自称正義の味方「黒の騎士団」を結成し日本の独立のため、ブリタニアに戦いを挑む。*
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
*突然ジャンプが成功しなくなり不眠症で悩む空中ブランコのフライヤー・公平、尖端恐怖症のヤクザ・猪野、誇大妄想で自意識過剰なモデル・広美たちがそれぞれに悩みを抱え精神科医・伊良部のもとを訪れ、カウンセリングを受ける。ところが治療はいつもビタミン注射を打たれるばかりで、その後は好奇心旺盛な伊良部の奇想天外な行動により面食らう患者たちは皆ハプニングに巻き込まれていく。果たして彼らの心の病は治るのか?*
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
10年前突如東京を襲った異変、通称「地獄門（ヘルズ・ゲート）」といわれる未知の領域が出現したその時からこの世界は本当の"空"を失い、夜空を覆う満天の星空は偽りの星達のものとなった。また時を同じくして「契約者」と呼ばれる、特別な能力を身につけた者達が現れはじめる。人間らしい感情や「契約対価」という代償と引き換えに、人外の能力を得た存在である彼らを利用して、このゲートに関する情報を得ようと、各国の諜報機関が東京にエージェントを送り込む。 主人公・黒<ヘイ>もまたそうした契約者の一人である。彼はある"組織"に所属しており、他の諜報機関等からは「BK-201」又は「黒の死神」と呼ばれている。そして、同じ"組織"のメンバーである銀<イン>・猫<マオ>・黄<ホァン>とともに、ゲートに関連する情報を集め"組織"の任務を実行している。
(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)
美大生・竹本祐太はアパートの同僚で先輩の森田忍や真山巧らに囲まれ、日々大学生活を楽しんでいた。 ある日、竹本達は大学の教師の花本修司から花本の親戚の花本はぐみを紹介される。人見知りが激しく口数も少ないはぐみだったが、その愛らしさに竹本は自分でも知らぬ間に一目惚れする。そして、変人として知られている先輩の森田もまた、はぐみを気に入ってしまう。はぐみと森田は惹かれ合って行き、お互いにその事を自覚していく。しかし、2人の恋は通常のそれとは違い、常人には理解出来ない天才同士の魂の結び付きのような物であった。「恋愛」と呼ぶには少し不思議な関係のはぐみと森田。そんなはぐみと森田の様子を見て、2人が共有する世界に入っていけない竹本は疎外感を味わう。 一方、真山はアルバイト先の建築デザイン事務所の経営者・原田理花の事を慕っていた。しかし、夫を事故で亡くし残された事務所を独りで守る理花は、真山の思いに気付きながらもわざと気が付かない振りをして、真山と距離を置こうとする。そんな真山の姿に最も傷ついていたのが真山に恋をする山田あゆみだった。山田の思いを知る真山は、山田にその思いに応えられない旨を伝えるが、いじらしい山田を真山は完全に突き放しきる事が出来ない。山田も真山が振り向いてくれる可能性が少ないとは分かっていても、その思いを断ち切る事が出来ないまま時は過ぎていく。 こうして、みんながお互いにそれぞれの恋心を胸に抱きながら、足早に流れていく季節の中、共に同じ時間の中を過ごして行く。しかし、時の流れは次第にそれぞれに押し殺していた本当の気持ちを自覚させ、それに対峙していく事で自らの道を見つけ出していく...。
ある日、竹本達は大学の教師の花本修司から花本の親戚の花本はぐみを紹介される。人見知りが激しく口数も少ないはぐみだったが、その愛らしさに竹本は自分でも知らぬ間に一目惚れする。そして、変人として知られている先輩の森田もまた、はぐみを気に入ってしまう。はぐみと森田は惹かれ合って行き、お互いにその事を自覚していく。しかし、2人の恋は通常のそれとは違い、常人には理解出来ない天才同士の魂の結び付きのような物であった。「恋愛」と呼ぶには少し不思議な関係のはぐみと森田。そんなはぐみと森田の様子を見て、2人が共有する世界に入っていけない竹本は疎外感を味わう。
一方、真山はアルバイト先の建築デザイン事務所の経営者・原田理花の事を慕っていた。しかし、夫を事故で亡くし残された事務所を独りで守る理花は、真山の思いに気付きながらもわざと気が付かない振りをして、真山と距離を置こうとする。そんな真山の姿に最も傷ついていたのが真山に恋をする山田あゆみだった。山田の思いを知る真山は、山田にその思いに応えられない旨を伝えるが、いじらしい山田を真山は完全に突き放しきる事が出来ない。山田も真山が振り向いてくれる可能性が少ないとは分かっていても、その思いを断ち切る事が出来ないまま時は過ぎていく。
こうして、みんながお互いにそれぞれの恋心を胸に抱きながら、足早に流れていく季節の中、共に同じ時間の中を過ごして行く。しかし、時の流れは次第にそれぞれに押し殺していた本当の気持ちを自覚させ、それに対峙していく事で自らの道を見つけ出していく...。
主人公・進藤ヒカルは、ごく普通の小学校6年生。小遣いをカットされたために祖父の家を物色していた際、蔵にあった古い碁盤に血痕を見つけたヒカルは、その碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士・藤原佐為（ふじわらのさい）の霊に取り憑かれる。
囲碁のルールも、佐為がかつて憑いていた碁聖・本因坊秀策の強さも知らないヒカルは、「神の一手を極める」という彼の壮大な目標に付き合わされ、彼にせがまれるままに碁を打つことになる。以降、佐為はヒカル以外には姿も見えず会話もできず、物を動かすことすら出来ない存在であることを前提に話は進む。
一方、ヒカルと同年齢の少年･塔矢アキラは、名人の父･塔矢行洋から英才教育を受け周囲から一目置かれる天才少年だが、碁の道を邁進することに未だふんぎりをつけられずにいた。ある日、佐為にせがまれ碁会所に入ってきた初心者のヒカルと軽い気持ちで対局するが、圧倒的な差を見せつけられ負かされてしまう。生まれて初めて、全力で戦ったのに同い年でしかも初心者の少年に敗れるという悔しさを味わったアキラは、ヒカルの謎めいた強さに疑問を持つと共に、ヒカルに注目していくことになる。
実はアキラが戦ったのはヒカルではなく佐為の方だった。2人の対局するさまを目の前で見ているだけだったヒカルは疎外感を覚え、碁を自分で打てないことを歯痒く思う。その後出会った塔矢行洋の打ち様に心惹かれたヒカルは、佐為に頼らずに1人で碁を打とうと決心する。佐為もまた、ヒカルのその姿勢に感心し、彼の成長の助力になれることを素直に喜ぶのだった。
この物語は、季節も時間も週刊連載に沿ってリアルタイムで進行し、ヒカルの成長とさまざまな人物との出会い、その途上で訪れる別れを淡々と描き終幕する。
ある町を舞台にして起こる、不良として知られている主人公と、主人公が通う学園で出逢うヒロイン達との交流と成長の物語。学園について、ゲーム本編においては高等学校の課程にあることを特定できる描写はあるが、校名の描写はない。アニメ（劇場版・テレビアニメ）、『CLANNAD オフィシャルコミック』（みさき樹里作画）およびネットラジオでは、「私立光坂（ひかりざか）高等学校」という校名の描写がある。
高校生の主人公とヒロイン達との出来事を収めた学園編、高校を卒業した主人公のその後を描いたAFTER STORY、および本編の随所に挿入される幻想世界の3つのパートから成る。
人と人との「絆」をテーマに描かれた本作は『Kanon』・『AIR』に続き三たび大ヒット作となった。登場キャラクターの大半に、スタッフロールを伴う個別エンディングが存在する。
序盤は原作の「学園編」のうち第1期で触れられなかった物語（サブキャラクターのルートやおまけシナリオ、渚ルートの終盤など）を、中盤以降は原作の『AFTER STORY』ある町を舞台にして起こる、不良として知られている主人公と、主人公が通う学園で出逢うヒロイン達との交流と成長の物語。学園について、ゲーム本編においては高等学校の課程にあることを特定できる描写はあるが、校名の描写はない。アニメ（劇場版・テレビアニメ）、『CLANNAD オフィシャルコミック』（みさき樹里作画）およびネットラジオでは、「私立光坂（ひかりざか）高等学校」という校名の描写がある。
高校生の主人公とヒロイン達との出来事を収めた学園編、高校を卒業した主人公のその後を描いたAFTER STORY、および本編の随所に挿入される幻想世界の3つのパートから成る。
人と人との「絆」をテーマに描かれた本作は『Kanon』・『AIR』に続き三たび大ヒット作となった。登場キャラクターの大半に、スタッフロールを伴う個別エンディングが存在する。
