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作者の説明によると「農大で菌とウイルスとすこしばかりの人間が右往左往する物語」である。
東京にあるとされる「某農業大学」（名前を伏せているわけではなく、これが正式名称）に入学した、「菌」の存在を肉眼で視認できるという不思議な能力をもつ主人公・沢木惣右衛門直保をめぐる学園ドラマである。第5巻収録の第49話冒頭では、「ミニマムな団体劇」とも表現されている。直保に見える菌は、デフォルメされたキャラクターとして描かれている。作中で菌たちがたびたび発する、「繁殖する」「発酵、腐敗させる」ことを意味するセリフ「かもす（醸す）」は、作品のシンボル的フレーズとなっている。
なお連載時のタイトルは、第1話が「農大物語」であり、第2話が「農大物語 もやしもん」、第3話は「農大物語改め もやしもん」、第4話は「新タイトル覚えてくれた? もやしもん」、今のロゴデザインになったのは、第5話「ロゴデザイン変えてみました。（農）もやしもん」からである。なお、単行本表紙のロゴデザインは統一されていない。 タイトル変更については農大からクレームが来て変更せざるを得なかったとの話もありしばらくは生協にも置いていなかったが、今では販売している。
脚注は基本的に「菌」に関する記述は作者、それ以外は「担当さん（＝担当編集者）」が担当している。単行本では脚注のほか、扉ページのアオリや毎回の登場人物紹介欄も雑誌掲載時と同様の形で収録するという珍しい形が取られている。
休載や減ページが多い。また、単行本の新刊が発行される数ヶ月前にも、その編集・本編の修正・加筆作業のために休載する事がある。当初は『イブニング』に毎号掲載されていたが、2008年から3号掲載・1号休載というパターンでの掲載が定着している[1]。

フジテレビと関西テレビの深夜枠で、2004年5月19日から9月22日まで（フジテレビの場合）放送された。全二十六話が制作されたが、地上波での放送はフジテレビの編成の都合上、第十七話で打ち切られた（関西テレビでの放送も、フジテレビ同様に第十七話まで）。BSフジでは一話～十七話を第一シーズン、十八話～二十六話を第二シーズンとして放送した（第二シーズンは土曜朝10:30～11:00と深夜からの移動となったと共に金曜深夜にリピート放送もあった）。後にアニマックスでも放映された。DVDは各二話収録、全十三巻。
この作品は、『カウボーイビバップ』を手掛けた渡辺信一郎監督による新作である。時代劇の外観を擁する本作のコンセプトは、時代考証とは無縁で、チャンプルーの名前通り、面白ければ何でもありというものである。例えば、モデルやバイトといったカタカナ言葉、現代的な言葉が用いられたり、ヒューマンビートボックスが登場したりと設定は無茶苦茶である。監督によれば、これは作品に面白味と新鮮味を出すための演出であり、第一回の冒頭においては、視聴者に対して、「ガタガタ言うな。黙って見やがれ」とのメッセージが送られている。
監督が好むヒップホップカルチャーがベースで、音楽のほか、殺陣や演出方法もその影響を受けている。

*皇暦2010年8月10日、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。しかし、その圧倒的な支配にも亀裂が生まれようとしていた。
日本侵攻から7年後、ブリタニアに恨みを持つ少年、主人公ルルーシュ・ランペルージは謎の少女C.C.（シーツー）から、他人に自分の命令を強制出来る、絶対遵守の力「ギアス」を与えられることになる。ルルーシュは仮面で素顔を隠して「ゼロ」と名乗り、自称正義の味方「黒の騎士団」を結成し日本の独立のため、ブリタニアに戦いを挑む。*

コンセプトは「アンティークドールの戦い」。
少女漫画の様な作風や美しいドールの衣装から、女性からの人気も高い。画風に関しても、虹彩の細かな書き込みや背景に花を描いたりなど、従来の少女漫画に近い。メディアなどでローゼンメイデンの衣装と作風はゴシックロリータだと形容されることがある[1]。
系統的には人造人間譚と言えるべき物でもあり、アンドロイド登場作品に共通するテーマを内包している。作中にアンドロイドの言はないが薔薇乙女をアンドロイドと考えた場合、「アリスを造る」ではなく、アンドロイドである薔薇乙女自身が、当初から強い自己意識と独立心を持ち、自らの意思で「究極の少女であるアリスを目指す」という女性主観的な要素が強調されている。
名前の由来は、作者によれば「完全に響きから入りました」とのことである[2]。ドイツ語の「Rosen」という単語が出てきたものの、どうしても英語の「Maiden」と合わせたかったらしく、「ローゼンさんという名前の人の作った乙女」ということで「Rozen Maiden」となった。ちなみになぜzになったかは不明だという。

コンセプトは「アンティークドールの戦い」。
少女漫画の様な作風や美しいドールの衣装から、女性からの人気も高い。画風に関しても、虹彩の細かな書き込みや背景に花を描いたりなど、従来の少女漫画に近い。メディアなどでローゼンメイデンの衣装と作風はゴシックロリータだと形容されることがある[1]。
系統的には人造人間譚と言えるべき物でもあり、アンドロイド登場作品に共通するテーマを内包している。作中にアンドロイドの言はないが薔薇乙女をアンドロイドと考えた場合、「アリスを造る」ではなく、アンドロイドである薔薇乙女自身が、当初から強い自己意識と独立心を持ち、自らの意思で「究極の少女であるアリスを目指す」という女性主観的な要素が強調されている。
名前の由来は、作者によれば「完全に響きから入りました」とのことである[2]。ドイツ語の「Rosen」という単語が出てきたものの、どうしても英語の「Maiden」と合わせたかったらしく、「ローゼンさんという名前の人の作った乙女」ということで「Rozen Maiden」となった。ちなみになぜzになったかは不明だという。

コンセプトは「アンティークドールの戦い」。
少女漫画の様な作風や美しいドールの衣装から、女性からの人気も高い。画風に関しても、虹彩の細かな書き込みや背景に花を描いたりなど、従来の少女漫画に近い。メディアなどでローゼンメイデンの衣装と作風はゴシックロリータだと形容されることがある[1]。
系統的には人造人間譚と言えるべき物でもあり、アンドロイド登場作品に共通するテーマを内包している。作中にアンドロイドの言はないが薔薇乙女をアンドロイドと考えた場合、「アリスを造る」ではなく、アンドロイドである薔薇乙女自身が、当初から強い自己意識と独立心を持ち、自らの意思で「究極の少女であるアリスを目指す」という女性主観的な要素が強調されている。
名前の由来は、作者によれば「完全に響きから入りました」とのことである[2]。ドイツ語の「Rosen」という単語が出てきたものの、どうしても英語の「Maiden」と合わせたかったらしく、「ローゼンさんという名前の人の作った乙女」ということで「Rozen Maiden」となった。ちなみになぜzになったかは不明だという。

(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)

ピアノ科に在籍しながらも指揮者を目指すエリート音大学生・千秋真一は、生まれ育ったヨーロッパに（胴体着陸の恐怖体験により）重度の飛行機恐怖症である為に行くことが出来ず（海で溺れたことがあり、船にも乗れない）将来に行き詰まりを感じて思い悩む日々を送っていた。担任の教授の教育方針に反発し口論の末に決別、別れた彼女にもつれなくされて自暴自棄になっていた。
ある日、千秋は酔っ払って自宅の前で眠ってしまう。目が覚めると周囲にはゴミの山と悪臭、そして美しいピアノソナタを奏でる女性がいた。彼女の名前は野田恵（通称・のだめ）で、なんと千秋と同じマンションの隣の部屋に住み、同じ音大のピアノ科に在籍していたのだった。入浴は1日おき、シャンプーは3日おきというのだめだったものの、千秋はのだめの中に秘められた天賦の才を敏感に感じ取る。そしてのだめもまた、千秋の外見と音楽の才能に憧れて彼に纏わり付くようになる。この出会い以来、千秋はのだめの才能を引き出すべく、何だかんだと彼女に関わるようになる。
将来に行き詰まりを感じていたため無愛想だったが、本来は面倒見が良い性格の千秋は、のだめとの出会いを機に彼女の存在が潤滑油となり、音大の変人たちに出会い、懐かれ、順調に道を踏み外しながらも音楽の楽しさを思い出し、新しい音楽の世界と指揮者への道を一歩一歩切り拓き始める。また、千秋の存在によりのだめもより高い技術を得るための指導者や、環境に出会う機会を得て、それぞれが成長していく。

(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)

ピアノ科に在籍しながらも指揮者を目指すエリート音大学生・千秋真一は、生まれ育ったヨーロッパに（胴体着陸の恐怖体験により）重度の飛行機恐怖症である為に行くことが出来ず（海で溺れたことがあり、船にも乗れない）将来に行き詰まりを感じて思い悩む日々を送っていた。担任の教授の教育方針に反発し口論の末に決別、別れた彼女にもつれなくされて自暴自棄になっていた。
ある日、千秋は酔っ払って自宅の前で眠ってしまう。目が覚めると周囲にはゴミの山と悪臭、そして美しいピアノソナタを奏でる女性がいた。彼女の名前は野田恵（通称・のだめ）で、なんと千秋と同じマンションの隣の部屋に住み、同じ音大のピアノ科に在籍していたのだった。入浴は1日おき、シャンプーは3日おきというのだめだったものの、千秋はのだめの中に秘められた天賦の才を敏感に感じ取る。そしてのだめもまた、千秋の外見と音楽の才能に憧れて彼に纏わり付くようになる。この出会い以来、千秋はのだめの才能を引き出すべく、何だかんだと彼女に関わるようになる。
将来に行き詰まりを感じていたため無愛想だったが、本来は面倒見が良い性格の千秋は、のだめとの出会いを機に彼女の存在が潤滑油となり、音大の変人たちに出会い、懐かれ、順調に道を踏み外しながらも音楽の楽しさを思い出し、新しい音楽の世界と指揮者への道を一歩一歩切り拓き始める。また、千秋の存在によりのだめもより高い技術を得るための指導者や、環境に出会う機会を得て、それぞれが成長していく。

(以下斜体文字はWikipediaより抜粋)

ピアノ科に在籍しながらも指揮者を目指すエリート音大学生・千秋真一は、生まれ育ったヨーロッパに（胴体着陸の恐怖体験により）重度の飛行機恐怖症である為に行くことが出来ず（海で溺れたことがあり、船にも乗れない）将来に行き詰まりを感じて思い悩む日々を送っていた。担任の教授の教育方針に反発し口論の末に決別、別れた彼女にもつれなくされて自暴自棄になっていた。
ある日、千秋は酔っ払って自宅の前で眠ってしまう。目が覚めると周囲にはゴミの山と悪臭、そして美しいピアノソナタを奏でる女性がいた。彼女の名前は野田恵（通称・のだめ）で、なんと千秋と同じマンションの隣の部屋に住み、同じ音大のピアノ科に在籍していたのだった。入浴は1日おき、シャンプーは3日おきというのだめだったものの、千秋はのだめの中に秘められた天賦の才を敏感に感じ取る。そしてのだめもまた、千秋の外見と音楽の才能に憧れて彼に纏わり付くようになる。この出会い以来、千秋はのだめの才能を引き出すべく、何だかんだと彼女に関わるようになる。
将来に行き詰まりを感じていたため無愛想だったが、本来は面倒見が良い性格の千秋は、のだめとの出会いを機に彼女の存在が潤滑油となり、音大の変人たちに出会い、懐かれ、順調に道を踏み外しながらも音楽の楽しさを思い出し、新しい音楽の世界と指揮者への道を一歩一歩切り拓き始める。また、千秋の存在によりのだめもより高い技術を得るための指導者や、環境に出会う機会を得て、それぞれが成長していく。

私立桜が丘高校に入学した1年生の平沢唯は新しいことを始めようとするが何も思いつかず、2週間もの間部活の入部届けを書けずに日々を過ごしていた。

同じく1年生の田井中律は幼馴染で 一緒に入学した秋山澪と共に軽音楽部の見学に行こうとするが、部員が前年度末に全員卒業してしまったため、4月中に新入部員が4人集まらなければ廃部にな ると聞かされる。合唱部の見学に来るつもりで間違えて軽音楽部に来てしまった1年生の琴吹紬は、律と澪の掛け合いを聞いているうちに彼女達が気に入り、入 部することに同意する。3人は部の存続のため、あと1人を入部させるべく勧誘活動を開始した。

そんな時、軽音楽部の存在を知った唯は「軽い音楽って書くから、簡単なことしかやらない」と思い入部届けを出してしまう。本来の活動内容を知って自 分にはバンドはできないと思い、入部を取り消してもらおうと部室に訪れた唯だったが、3人の演奏を聴いて心を動かされ正式に入部した。

こうして集まった4人は唯の楽器購入を手始めに、練習・合宿・学園祭とゼロからの音楽活動を行っていく。

ある町を舞台にして起こる、不良として知られている主人公と、主人公が通う学園で出逢うヒロイン達との交流と成長の物語。学園について、ゲーム本編においては高等学校の課程にあることを特定できる描写はあるが、校名の描写はない。アニメ（劇場版・テレビアニメ）、『CLANNAD オフィシャルコミック』（みさき樹里作画）およびネットラジオでは、「私立光坂（ひかりざか）高等学校」という校名の描写がある。

高校生の主人公とヒロイン達との出来事を収めた学園編、高校を卒業した主人公のその後を描いたAFTER STORY、および本編の随所に挿入される幻想世界の3つのパートから成る。

人と人との「絆」をテーマに描かれた本作は『Kanon』・『AIR』に続き三たび大ヒット作となった。登場キャラクターの大半に、スタッフロールを伴う個別エンディングが存在する。

ある町を舞台にして起こる、不良として知られている主人公と、主人公が通う学園で出逢うヒロイン達との交流と成長の物語。学園について、ゲーム本編においては高等学校の課程にあることを特定できる描写はあるが、校名の描写はない。アニメ（劇場版・テレビアニメ）、『CLANNAD オフィシャルコミック』（みさき樹里作画）およびネットラジオでは、「私立光坂（ひかりざか）高等学校」という校名の描写がある。

高校生の主人公とヒロイン達との出来事を収めた学園編、高校を卒業した主人公のその後を描いたAFTER STORY、および本編の随所に挿入される幻想世界の3つのパートから成る。

人と人との「絆」をテーマに描かれた本作は『Kanon』・『AIR』に続き三たび大ヒット作となった。登場キャラクターの大半に、スタッフロールを伴う個別エンディングが存在する。

『みなみけ〜おかわり〜』は2008年1月から3月まで同系列局にて放送された。全13話。時系列は前シリーズの最終話、大晦日から繋がった正月か らの話となっており、そのため真冬の話がメインとなっている。実質2クール目であるが放送枠内での扱いは「新番組」とされ、第2期となる。

フユキなどアニメオリジナルのキャラクターやエピソードが追加され、原作に存在するエピソードにも一部変更が加えられているものがある。また主要キャラ以外の人物は全てシルエットとなっている。