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作者の説明によると「農大で菌とウイルスとすこしばかりの人間が右往左往する物語」である。
東京にあるとされる「某農業大学」（名前を伏せているわけではなく、これが正式名称）に入学した、「菌」の存在を肉眼で視認できるという不思議な能力をもつ主人公・沢木惣右衛門直保をめぐる学園ドラマである。第5巻収録の第49話冒頭では、「ミニマムな団体劇」とも表現されている。直保に見える菌は、デフォルメされたキャラクターとして描かれている。作中で菌たちがたびたび発する、「繁殖する」「発酵、腐敗させる」ことを意味するセリフ「かもす（醸す）」は、作品のシンボル的フレーズとなっている。
なお連載時のタイトルは、第1話が「農大物語」であり、第2話が「農大物語 もやしもん」、第3話は「農大物語改め もやしもん」、第4話は「新タイトル覚えてくれた? もやしもん」、今のロゴデザインになったのは、第5話「ロゴデザイン変えてみました。（農）もやしもん」からである。なお、単行本表紙のロゴデザインは統一されていない。 タイトル変更については農大からクレームが来て変更せざるを得なかったとの話もありしばらくは生協にも置いていなかったが、今では販売している。
脚注は基本的に「菌」に関する記述は作者、それ以外は「担当さん（＝担当編集者）」が担当している。単行本では脚注のほか、扉ページのアオリや毎回の登場人物紹介欄も雑誌掲載時と同様の形で収録するという珍しい形が取られている。
休載や減ページが多い。また、単行本の新刊が発行される数ヶ月前にも、その編集・本編の修正・加筆作業のために休載する事がある。当初は『イブニング』に毎号掲載されていたが、2008年から3号掲載・1号休載というパターンでの掲載が定着している[1]。