主人公・進藤ヒカルは、ごく普通の小学校6年生。小遣いをカットされたために祖父の家を物色していた際、蔵にあった古い碁盤に血痕を見つけたヒカルは、その碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士・藤原佐為（ふじわらのさい）の霊に取り憑かれる。
囲碁のルールも、佐為がかつて憑いていた碁聖・本因坊秀策の強さも知らないヒカルは、「神の一手を極める」という彼の壮大な目標に付き合わされ、彼にせがまれるままに碁を打つことになる。以降、佐為はヒカル以外には姿も見えず会話もできず、物を動かすことすら出来ない存在であることを前提に話は進む。
一方、ヒカルと同年齢の少年･塔矢アキラは、名人の父･塔矢行洋から英才教育を受け周囲から一目置かれる天才少年だが、碁の道を邁進することに未だふんぎりをつけられずにいた。ある日、佐為にせがまれ碁会所に入ってきた初心者のヒカルと軽い気持ちで対局するが、圧倒的な差を見せつけられ負かされてしまう。生まれて初めて、全力で戦ったのに同い年でしかも初心者の少年に敗れるという悔しさを味わったアキラは、ヒカルの謎めいた強さに疑問を持つと共に、ヒカルに注目していくことになる。
実はアキラが戦ったのはヒカルではなく佐為の方だった。2人の対局するさまを目の前で見ているだけだったヒカルは疎外感を覚え、碁を自分で打てないことを歯痒く思う。その後出会った塔矢行洋の打ち様に心惹かれたヒカルは、佐為に頼らずに1人で碁を打とうと決心する。佐為もまた、ヒカルのその姿勢に感心し、彼の成長の助力になれることを素直に喜ぶのだった。
この物語は、季節も時間も週刊連載に沿ってリアルタイムで進行し、ヒカルの成長とさまざまな人物との出会い、その途上で訪れる別れを淡々と描き終幕する。
第一局 * 永遠のライバル
第二局 * 見抜かれた急所!!
第三局 * 牙をむくアキラ
第四局 * 将棋部の加賀
第五局 * 覚醒の予感
第六局 * 美しい一局
第七局 * お前とは打たない
第八局 雨の中の策略
第九局 目ざわりな奴!!
第十局 * 3人目のメンバー
第十一局 * 最も卑劣な行為
第十二局 * 三将はお前だ
第十三局 それぞれの決意
第十四局 * 三度目の対局
第十五局 ネットに潜む棋士
第十六局 saiはだれだ
第十七局 * 追憶の一局
第十八局 * アキラ対sai
第十九局 ヒカルの実力
第二十局 * プロへの道
第二十一局 * 葉瀬中囲碁部
第二十二局 * 院生試験
第二十三局 * 幽玄の間
第二十四局 * 王座VSアキラ
第二十五局 恐れとあせりと
第二十六局 ようこそ一組へ
第二十七局 時々戻りたい場所
第二十八局 若獅子戦
第二十九局 桑原本因坊
第三十局 緒方VS本因坊
第三十一局 プロ試験開始
第三十二局 予選最終日
第三十三局 チーム結成!
第三十四局 勝ってはならない
第三十五局 勝者はひとり
第三十六局 オレの名は
第三十七局 本戦開始
第三十八局 挑戦者たち
第三十九局 魔の一瞬
第四十局 白星の行方
第四十一局 三週では遅い!
第四十二局 一人目の合格者
第四十三局 ヒカルVS和谷
第四十四局 起死回生
第四十五局 ヒカルVS越智
第四十六局 プロ試験最終日
第四十七局 プロの世界へ
第四十八局 佐為VS名人
第四十九局 捨て身の一局
第五十局 藤原佐為
第五十一局 倉田六段 横手美智子
第五十二局 ヒカルVSアキラ
第五十三局 saiの告白
第五十四局 たかぶる心
第五十五局 sai vs toya koyo
第五十六局 千年の答え
第五十七局 saiと打たせろ
第五十八局 一色碁
第五十九局 塔矢行洋引退!
第六十局 さよならヒカル
第六十一局 佐為が消えた?
第六十二局 広島最強棋士
第六十三局 もう打たない
第六十四局 慶長の花器
第六十五局 伊角の碁
第六十六局 運命の出会い
第六十七局 試される伊角
第六十八局 不戦敗
第六十九局 決意の訪問者
第七十局 佐為がいた...
第七十一局 復帰初戦
第七十二局 走り出した二人
第七十三局 進藤対塔矢
第七十四局 キミの中にいる
第七十五局 なつかしい笑顔
スペシャル 北斗杯への道
原作 - ほったゆみ、小畑健
囲碁アドバイザー - 梅沢由香里
企画 - 岩田圭介、原田孝（テレビ東京）、布川ゆうじ（ぴえろ）
監修 - かみやじゅん
シリーズ構成 - 大橋志吉
メインキャラクターデザイン - 本橋秀之
キャラクターデザイン - 関口可奈味、上田美由紀、芝美奈子
美術監督 - 高木佐和子
色彩設計 - いわみみか。
撮影監督 - 沖野雅英
編集 - 松村正宏
音響監督 - 高橋秀雄
音楽プロデューサー - 長澤隆之
音楽 - 若草恵
音楽協力 - テレビ東京ミュージック
プログラムマネージャー - 渡辺哲也
プロデューサー - 崔鐘秀→小林教子（テレビ東京）、山西大平（電通）、三上孝一→萩野賢（ぴえろ）
アニメーションプロデューサー - 鈴木重裕
監督 - 西澤晋、神谷純、えんどうてつや
製作協力 - 日本棋院
製作 - テレビ東京、電通、ぴえろ
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