作者の説明によると「農大で菌とウイルスとすこしばかりの人間が右往左往する物語」である。
東京にあるとされる「某農業大学」（名前を伏せているわけではなく、これが正式名称）に入学した、「菌」の存在を肉眼で視認できるという不思議な能力をもつ主人公・沢木惣右衛門直保をめぐる学園ドラマである。第5巻収録の第49話冒頭では、「ミニマムな団体劇」とも表現されている。直保に見える菌は、デフォルメされたキャラクターとして描かれている。作中で菌たちがたびたび発する、「繁殖する」「発酵、腐敗させる」ことを意味するセリフ「かもす（醸す）」は、作品のシンボル的フレーズとなっている。
なお連載時のタイトルは、第1話が「農大物語」であり、第2話が「農大物語 もやしもん」、第3話は「農大物語改め もやしもん」、第4話は「新タイトル覚えてくれた? もやしもん」、今のロゴデザインになったのは、第5話「ロゴデザイン変えてみました。（農）もやしもん」からである。なお、単行本表紙のロゴデザインは統一されていない。 タイトル変更については農大からクレームが来て変更せざるを得なかったとの話もありしばらくは生協にも置いていなかったが、今では販売している。
脚注は基本的に「菌」に関する記述は作者、それ以外は「担当さん（＝担当編集者）」が担当している。単行本では脚注のほか、扉ページのアオリや毎回の登場人物紹介欄も雑誌掲載時と同様の形で収録するという珍しい形が取られている。
休載や減ページが多い。また、単行本の新刊が発行される数ヶ月前にも、その編集・本編の修正・加筆作業のために休載する事がある。当初は『イブニング』に毎号掲載されていたが、2008年から3号掲載・1号休載というパターンでの掲載が定着している[1]。
1 農大菌物語
2 三億円の農大生
3 菌でかもすぞ！
4 あちこち菌祭り
5 怪奇！菌オバケ
6 悩殺！ミス農大
7 開幕！農大春祭
8 農大正門攻略戦
9 柔肌にとりつけ
10 ゴスロリキッス
11 輝く菌未来
原作 - 石川雅之（『イブニング』連載中/講談社刊）
原作協力 - 講談社『イブニング』編集部、松下陵、山谷奈久留、高野貴志
企画 - 松崎容子（フジテレビ）
監督 - 矢野雄一郎
製作 - 寺嶋博礼、針生雅行、島村達雄、林田師博、伊藤泰造、町田修一、伊藤幸弘（フジテレビ）
プロデューサー - 中島寛朗（フジテレビ）、磯田敦仁、田中尚美、渡辺哲也、山本幸治（フジテレビ）
シリーズ構成 - 高橋ナツコ
キャラクターデザイン - 高岡じゅんいち
美術監督 - 新田博史
色彩設定 - 山本智子
3DCG監督 - 八木竜一
撮影監督 - 市川幸彦
編集 - 笠原義宏
音響監督 - 菊田浩巳（楽音舎）
録音調整 - 山田陽
音響効果 - 森川永子
録音助手 - 清本百合子
音響制作 - 楽音舎
音響制作担当 - 間瀬博美、神山衣里
録音スタジオ - スタジオマウス
ビデオ編集 - IMAGICA（秋葉武弘、工藤華奈子）
音楽 - 佐藤直紀（オリジナルサウンドトラック：キューンレコード）
音楽制作 - フジパシフィック音楽出版、ソニー・ミュージックエンタテインメント
音楽制作協力 - フェイスミュージック
アニメーションプロデューサー - 粟飯原君江、谷口理
制作経理 - 鈴木勇一
制作総務 - 林雅子
制作デスク - 立石啓介
協力 - Autodesk、竹内道雄、寺岡徹、濱野國勝、普後一、島田順
広報 - 遠藤恵（フジテレビ）
宣伝 - 竹内文恵（アスミック・エース）、中村優子（アスミック・エース）、Kプレス
アシスタントプロデューサー - 斎藤彩（フジテレビ）
製作担当 - 大橋淳（アスミック・エース）、佐藤至信（アスミック・エース）、誉徹志（講談社）、平野剛（フジテレビ）、亀井威次郎
OP演出 - 山崎貴
アニメーション制作 - 白組、テレコム・アニメーションフィルム
制作 - もやしもん製作委員会（アスミック・エースエンタテインメント、講談社、白組、スカパー・ウェルシンク、ソニー・ミュージックエンタテインメント、電通、フジテレビ）
コメントする